« Kraken », le dernier descendant de la variante Omicron

Lucie Garrido

Tous les virus, y compris le SRAS-CoV-2, responsable du COVID-19, évoluent avec le temps. La plupart des changements ont peu ou pas d’impact sur les propriétés du virus. Cependant, certains changements peuvent affecter les propriétés du virus, comme la facilité avec laquelle il se propage, la gravité de la maladie qui y est associée, ou l’efficacité des vaccins, des médicaments thérapeutiques, des outils de diagnostic ou d’autres mesures de santé publique et sociales. 

En juin 2020, le groupe de travail de l'OMS sur l'évolution du virus a été créé avec un accent particulier sur les variantes du SRAS-CoV-2, leur phénotype et leur impact sur les contre-mesures. Ceci est devenu plus tard le Groupe consultatif technique sur l'évolution du virus SRAS-CoV-2. Fin 2020, l’émergence de variants qui posaient un risque accru pour la santé publique mondiale a incité l’OMS à en caractériser certains comme variants d’intérêt (VOI) et variants préoccupants (VOC), afin de donner la priorité à la surveillance et à la recherche mondiales et d’informer et d’ajuster la lutte contre le COVID-19. 2021 réponse. À partir de mai XNUMX, l’OMS a commencé à attribuer des des étiquettes faciles à dire pour les variantes clés.

Des progrès considérables ont été réalisés dans l’établissement et le renforcement d’un système mondial permettant de détecter les signaux de VOI ou de COV potentiels et d’évaluer rapidement le risque posé par les variantes du SRAS-CoV-2 pour la santé publique. Il reste essentiel que ces systèmes soient maintenus alors que le SRAS-CoV-2 continue de circuler à des niveaux élevés dans le monde entier. Tout en surveillant la circulation du SRAS-CoV-2 à l'échelle mondiale, il reste également essentiel de surveiller sa propagation dans les populations animales et les individus infectés de manière chronique, qui constituent des aspects cruciaux de la stratégie mondiale visant à réduire l'apparition de mutations ayant des effets indésirables. implications pour la santé publique. En mars 2023, l’OMS a mis à jour son système de suivi et ses définitions de travail pour les variants préoccupants, les variants d’intérêt et les variants sous surveillance.

Les virus mutent naturellement au fil du temps et conduisent à de nouvelles versions ou variantes.

Les variantes de virus fusionnent naturellement pour former des versions hybrides ou recombinantes. Les scientifiques ont identifié ce processus dans le virus COVID-19. Un recombinant Delta-Omicron a été détecté récemment aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans certaines parties de l'Europe, mais le nombre de cas de cette version doit encore être plus élevé. La technologie de séquençage utilisée en Colombie-Britannique peut détecter les variantes recombinantes du COVID-19.

Types de classement

Il existe plusieurs manières de classer les virus SARS-CoV-2. Chaque type de classification peut être approprié, en fonction du contexte dans lequel le SRAS-CoV-2 est communiqué. Le SRAS-CoV-2 est souvent discuté dans le contexte des lignées (et sous-lignées). Le système de classification des lignées le plus couramment utilisé est le Pango. Suivantclade peut également être utilisé dans ce contexte. Dans un contexte plus large, les lignées ou groupes de lignées apparentées peuvent être classées à l'aide de lettres grecques (telles que Omicron) par l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Ces méthodes de classification permettent aux scientifiques de communiquer les similitudes et les différences entre les virus SARS-CoV-2.

AVANT JC. s'aligne avec l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) pour déterminer quelles variantes sont classées comme variantes préoccupantes. Actuellement, les variantes préoccupantes sont les suivantes :

  • Omicron (B.1.1.529) a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud le 9 novembre 2021. Omicron présente des mutations dans la région du pic, affectant la façon dont il se propage et répond aux traitements et aux vaccinations. 
  • Les variantes d'Omicron comprennent de nombreuses lignées, telles que BA.1 et BA,2*, et des sous-lignées (BA.2.12, BA.1.1*, etc.). Figure 1 dans le rapport de données hebdomadaire répertorie les sous-lignées Omicron actuelles détectées dans la province.
  • Delta (B.1.617.2) est une sous-lignée de B.1.617, détectée pour la première fois en Inde. Delta se propage rapidement et peut entraîner une maladie plus grave, en particulier chez les personnes non vaccinées. Delta comprend B.1.617.2 et de nombreuses sous-lignées AY.*.
  • Gamma (P.1), le variant signalé pour la première fois au Japon mais identifié plus tard comme originaire du Brésil, pourrait réinfecter les personnes qui ont eu le COVID-19. Gamma comprend deux sous-lignées, P.1.1 et P.1.2. Certains traitements actuels peuvent ne pas fonctionner aussi bien dans les cas de cette variante. 
  • Bêta (B.1.351), la variante signalée pour la première fois en Afrique du Sud, se propage plus rapidement que les souches plus anciennes et possède de nombreuses sous-lignées. Certains traitements et vaccins actuels pourraient ne pas fonctionner aussi bien dans les cas de ce variant et de ses sous-lignées, mais cette VoC n’a pas encore été établie à l’échelle mondiale. 
  • Alpha (B.1.1.7), la variante signalée pour la première fois au Royaume-Uni, se propage rapidement et peut provoquer une maladie plus grave que les versions précédentes. Alpha inclut également les sous-lignées Q.*.

Les virus évoluent naturellement ; certaines variantes peuvent fusionner pour former une version hybride ou recombinante. Les scientifiques ont identifié des recombinants du COVID-19, tels que le recombinant Delta-Omicron détecté aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans certaines parties de l’Europe. 

QUE SOUHAITEZ-VOUS SAVOIR…

  • Omicron a évolué pour inclure de nombreuses sous-lignées différentes.
  • Actuellement, Omicron (BA.5 et de nombreuses autres sous-lignées) sont les variantes les plus couramment détectées en Colombie-Britannique.
  • La santé publique et les chercheurs étudient de près les sous-lignées Omicron.
  • Omicron s’est propagé plus facilement entre les personnes que les variantes précédentes du COVID-19.
  • Les gens peuvent transmettre Omicron à d’autres personnes même s’ils ont été vaccinés, surtout lorsqu’ils présentent des symptômes.
  • Les personnes vaccinées ont un cas plus bénin d’Omicron et sont moins susceptibles de se retrouver à l’hôpital que celles qui ne sont pas vaccinées.
  • Les vaccins actuels offrent une protection raisonnable contre les maladies graves et les hospitalisations pour Omicron.
    • Une troisième dose de vaccin contribue à fournir une plus grande protection contre Omicron.
    • Des infections révolutionnaires peuvent survenir chez les personnes entièrement vaccinées.
  • Les personnes qui ont eu le COVID-19 peuvent retomber malades à cause de nouvelles variantes.
    • Se faire vacciner est essentiel même si vous avez déjà eu la COVID-19.
  • La surveillance et la recherche sur les nouveaux variants du COVID-19 sont en cours. Cette page sera mise à jour souvent. 
  • Plus de détails sur les stratégies actuelles d’échantillonnage et de séquençage se trouvent dans la section Test des variantes de la COVID-19 ci-dessous.

À propos de la variante Kraken Covid

Cette variante est une sous-lignée d'un recombinant de deux autres ramifications d'Omicron. Ce mélange peut se produire lorsqu’une personne est simultanément infectée par deux variantes du virus ou si les deux se rencontrent dans les eaux usées. 

Celui-ci pourrait se démarquer parmi les nombreuses variantes d’Omicron en circulation s’il présente deux avantages qui le rendraient hautement infectieux : une capacité à échapper aux anticorps acquis lors d’infections ou de vaccinations antérieures et une force de liaison aux récepteurs ACE2, où le Covid pénètre dans les cellules et infecte les personnes. UN pré-impression publié début janvier par des chercheurs chinois axés sur XBB.1.5 affirme que c'est le cas, mais cet article n'a pas été publié ni évalué par des pairs. 

« C’est une sorte de double coup de mutations », déclare Peter Hotez, codirecteur du Texas Children's Hospital Center for Vaccine Development et doyen de l'École nationale de médecine tropicale du Baylor College of Medicine. "Il possède non seulement des propriétés d'échappement immunitaire, mais il est également capable de le faire tout en préservant sa capacité à se lier au récepteur." 

Elle se propage également plus rapidement en raison du comportement des gens : peu de personnes portent des masques par rapport à 2020, et beaucoup ont voyagé et se sont rassemblés à l’intérieur pour célébrer les fêtes de fin d’année. C'est une recette pour beaucoup de gens tombent malades, vite. "Ce que nous rencontrons actuellement, c'est cette sous-variante qui présente de nombreuses évasions immunitaires qui entre également en jeu alors que nous avons pratiquement supprimé la plupart, sinon la totalité, de nos autres pratiques d'atténuation en matière de santé publique", explique Stephanie Silvera, une épidémiologiste et professeur de santé publique à la Montclair State University dans le New Jersey. 

La variante a été trouvée dans 38 pays, selon le QUI. Ceux-ci incluent South Korea, Australie, et dans les pays d'Europe, où il représentait moins de 2.5 % de la proportion de cas au cours des deux dernières semaines de 2022, selon le Centre européen de contrôle et de prévention des maladies. dit Lundi. Mais l’agence note que la propagation rapide aux États-Unis ne signifie pas que le variant deviendra également dominant outre-Atlantique. 

Alors que la plupart des pays ont vu des vagues de Covid monter et descendre, la Chine est actuellement confrontée à sa première épidémie massive après trois ans de confinement strict les mesures. Un variant hyper-contagieux pourrait affecter cette population différemment. Les experts ne savent pas encore si la propagation sans entrave de XBB.1.5 en Chine pourrait favoriser l’émergence d’un « nouveau super variante» ou celui qui est particulièrement dangereux ou transmissible.  

Certaines variantes ne répondent jamais aux préoccupations initiales. Les experts ont surveillé de près la variante Mu à la fin de l’été 2021, craignant qu’elle ne provoque des infections révolutionnaires. Mais ça reculé rapidement. XBB.1.5 pourrait disparaître sans devenir dominant ailleurs, mais les experts estiment qu’il est trop tôt pour savoir comment il se propagera. 

Sources: 

https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants
https://www.wired.com/story/kraken-covid-variant-xbb15/

http://www.bccdc.ca/health-info/diseases-conditions/covid-19/about-covid-19/variants

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html

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